Pelaksanaan program peningkatan dan pembangunan di UNY ini dilaksanakan dalam dua tingkat, yaitu tingkat pusat melalui badan Project Management Unit (PMU) dan di tingkat universitas melalui Project Implementation Unit (PIU). Untuk PMU, Taskforce sudah dibentuk dengan Surat Keputusan Direktur Belmawa DIKTI, sedangkan PIU sudah dibentuk dengan SK Rektor UNY (SK Terlampir). Bentuk struktur organisasi pelaksana program seperti terlihat pada gambar di bawah ini.

 

Dalam pelaksanaan tugasnya, PMU bertanggung jawab dalam kelancaran komunikasi dengan donor, Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan, dan Kementrian Keuangan. PMU perlu membangun kesamaan persepsi di antara pelaksana-pelaksana kegiatan di universitas. 

PIU bertanggung jawab pada kelancaran pelaksanaan program di masing-masing universitas, menjaga penjadwalan setiap kegiatan agar sesuai dengan perencanaan, serta bertanggungjawab pada transparansi dan akuntibilitas pelaksanaan program.